داستان "ربوده‌شدگان ریو براوو" در سال 1874 تگزاس روایت می‌شود. دو دوست به همراه یک راهنمای سرخ‌پوست، گروهی از زنان ربوده‌شده را از دست قاچاقچیان بی‌رحم در نزدیکی مرز مکزیک نجات می‌دهند و ...

دکتر جانی وو زمانی درگیر یک کارتل جهانی قاچاق اسلحه مافیا می‌شود که آن‌ها پسرش بابی را می‌ربایند. اعضای این کارتل که از سران دنیای زیرزمینی سراسر جهان تشکیل شده‌اند، متوجه می‌شوند که او به اطلاعات ارزشمندی روی یک دیسک کامپیوتری دست یافته است. لویی و همتای روسی‌اش ولادیمیر کروسکف از تمام مکر و حیله خود برای به دام انداختن جانی و پس گرفتن دیسک استفاده می‌کنند.

جانی وو یک پزشک چینی است که مبارزه در رینگ را کنار گذاشته است. برادر او مربی یک باشگاه کیک‌بوکسینگ است. وقتی جانی عاشق جولی می‌شود، دختری که برادرش مربی یک باشگاه رقیب در کیک‌بوکسینگ است، تنش‌ها و درگیری‌ها آغاز می‌شود...

با الهام از لحن کمدی فیلم‌های «دانشکده پلیس»، آکادمی نینجا مجموعه‌ای از شخصیت‌های خنده‌دار را به تصویر می‌کشد که در حین تمرینات سخت، تفریح و در نهایت شکست‌های سخت در دنیای بی‌رحم هنرهای رزمی، پیوند نزدیکی با یکدیگر برقرار می‌کنند.